대법원 제3부는 2026년 9월 2일 선고한 2026두30772 부가가치세부과처분취소 사건에서 원심판결 중 원고들 패소 부분을 파기하고 사건을 부산고등법원으로 돌려보냈다. 원심은 부산고등법원 2026년 2월 13일 선고 (창원)2024누11245 판결이다.
대법원은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 10년의 부과제척기간이 적용되는 ‘국세’에, 본세의 세액이 유효하게 확정돼 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고ㆍ과소신고ㆍ납부불성실가산세 등도 포함된다고 판단했다.
다만 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 부정행위를 했더라도 그로 인해 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받지 않은 경우에는 본세를 비롯한 위 가산세의 부과제척기간은 5년이라고 봤다. 또 신고ㆍ납부할 본세의 납세의무가 인정되지 않으면 본세의 세액이 유효하게 확정돼 있을 것을 전제로 하는 무신고ㆍ과소신고ㆍ납부불성실가산세 등은 따로 부과할 수 없고, 본세가 소송 등으로 취소되면 이런 유형의 가산세도 처분의 기초를 상실해 위법하게 된다고 했다.
반면 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2 각 목에 따른 가산세는 달리 봤다. 대법원은 납세자가 부정행위로 해당 가산세 부과대상이 되는 경우에는 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 납세자의 인식이 있었는지와 무관하게 그 가산세에 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 판단했다.
문제가 된 사건에서는 원고들에게 부과된 각 가산세 합계 1,041,540,159원에 세금계산서위장수취가산세뿐 아니라 다른 유형의 가산세도 포함돼 있었다. 그런데 원심은 가산세 부분이 모두 세금계산서위장수취가산세에 해당한다고 보고, 본세 부분의 부과제척기간 5년 도과 여부와 무관하게 가산세 부분에는 10년의 부과제척기간이 적용된다고 판단했다.
대법원은 원심이 가산세 부분이 본세의 세액이 유효하게 확정돼 있을 것을 전제로 하는 유형인지, 그렇지 않은 유형인지를 구분해 각각 부과제척기간 도과 여부를 살피지 않았다고 봤다. 아울러 전자 유형에 속한다면 본세가 소송 과정에서 취소됨으로써 해당 가산세도 처분의 기초를 상실해 위법하게 되었는지까지 심리ㆍ판단했어야 한다고 지적했다.
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