대법원 제3부는 9월 2일 부가가치세부과처분취소 사건(2026두30772)에서 원심판결 중 원고들 패소 부분을 파기하고 사건을 부산고등법원으로 돌려보냈다.
대법원은 구 국세기본법상 납세자가 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 10년의 부과제척기간이 적용되는 국세에는 본세의 세액이 유효하게 확정돼 있을 것을 전제로 한 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등도 포함된다고 봤다.
다만 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 부정행위를 했더라도 그로 인해 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 않았다면, 본세를 비롯한 같은 유형의 가산세 부과제척기간은 5년이라고 판단했다. 신고납세방식의 국세에서 국세의 포탈이나 부정환급·부정공제가 있었는지는 가산세를 제외한 본세액을 기준으로 판단해야 한다고도 했다.
또 신고·납부할 본세의 납세의무가 인정되지 않는 경우에는 본세의 세액이 유효하게 확정돼 있어야 하는 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등을 따로 부과할 수 없고, 본세가 소송 등에 의해 취소됐다면 이런 유형의 가산세 역시 처분의 기초를 상실해 위법하게 된다고 판단했다.
반면 납세자가 부정행위로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2 각 목에 따른 가산세 부과대상이 될 경우에는, 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 납세자의 인식이 있었는지와 무관하게 해당 가산세에는 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 봤다.
이 사건에서 원심은 가산세 부분 전부를 세금계산서위장수취가산세로 보고, 본세 부분의 부과제척기간 5년 도과 여부와 무관하게 가산세 부분에는 10년의 부과제척기간이 적용된다고 판단했다. 하지만 대법원은 각 처분에 의해 부과된 각 가산세 합계 1,041,540,159원에는 세금계산서위장수취가산세뿐 아니라 다른 유형의 가산세들도 포함돼 있었다고 지적했다.
대법원은 원심이 가산세를 본세의 세액이 유효하게 확정돼 있어야 하는 유형과 그렇지 않은 유형으로 나눠 각각 부과제척기간 도과 여부를 살피고, 전자에 해당할 경우 본세가 소송 과정에서 취소됨으로써 해당 유형의 가산세 역시 위법하게 됐는지도 심리·판단했어야 한다고 밝혔다.
다만 대법원은 이 사건 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 원심 판단에는 잘못이 없다고 봤다.
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