조세심판원, 조합 토지 유예기간 내 직접사용 못한 '정당한 사유' 불인정

곽수현 기자 입력:2026-09-13 08:30 수정:2026-09-13 08:30
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조세심판원이 농업협동조합법상 조합이 감면받아 취득한 토지를 1년 유예기간 안에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단했다. 종전 건축물 철거에 법령상 금지나 행정관청의 제한이 없었고, 토지 취득 후 상당 기간이 지난 뒤에야 철거가 이뤄진 점 등을 근거로 들었다.

조세심판원은 9월 3일 '이 건 토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부' 사건에서 심판청구를 기각했다. 결정번호는 조심 2026지0908이다.

청구법인은 2022년 2월 15일부터 2024년 5월 23일까지 제주특별자치도 서귀포시 OOO 토지 685.3㎡를 취득한 뒤 「지방세특례제한법」 제14조 제3항에 따라 취득세를 면제받았다. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 취득일부터 1년 이내 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고 보고 2026년 2월 4일 취득세 등을 부과했고, 청구법인은 같은 해 3월 9일 심판청구를 제기했다.

청구법인은 교통영향평가 심의에 8개월 이상이 걸렸고 166건의 보완 명령도 있었다며, 설계 변경과 내부 의결 절차 등을 거치느라 유예기간을 넘긴 것은 외부적 사유 또는 정상적인 노력 끝에 발생한 지연이라고 주장했다.

하지만 심판원은 쟁점토지의 유예기간이 지난 뒤인 2023년 8월 10일에야 교통영향평가 심의를 신청한 만큼, 심의에 걸린 기간은 유예기간 경과와 관련이 없다고 봤다. 또 쟁점토지 취득 후 1년 이상이 지난 2023년 12월 12일과 2024년 5월 23일에 나머지 토지 129.3㎡를 추가 취득한 점을 들어, 그 전까지는 건축물의 부속토지조차 확정하지 못한 상태였다고 판단했다.

심판원은 이 건 토지 위 종전 건축물을 철거하는 데 법령의 금지나 행정관청의 제한 등이 없었다고 보이는데도, 쟁점토지를 취득한 후 3년 이상, 나머지 토지를 취득한 후 1년 이상 지난 2026년 1월 5일에야 멸실이 이뤄졌다고 지적했다. 이런 사정을 종합하면 청구법인에 외부적 사유가 있었다거나, 정상적인 노력을 다했지만 시간이 부족해 유예기간을 넘긴 경우로 보기는 어렵다고 판단했다.

결국 심판원은 처분청의 취득세 등 부과 처분에 잘못이 없다고 결론냈다.

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