조세심판원은 2026년 9월 3일 결정한 조심 2026구1772 사건에서 심판청구를 기각했다.
청구법인은 주택건설업을 영위하는 법인으로, 쟁점토지를 주택 건설용 토지로 보고 2019∼2024년 종합부동산세를 과세표준 합산배제 대상으로 신고했다. 그러나 처분청은 청구법인이 취득일부터 5년 이내 주택사업계획의 승인을 받지 못했다며 2025년 12월 8일 2019∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 경정·고지했다.
청구법인은 도시개발구역 지정, 조합설립인가 통보, 각종 사업영향평가 협의 등이 오래 걸려 환지계획인가 및 환지예정지 지정이 이뤄지지 않았고, 그 전에는 주택건설사업승인 신청이 불가능했다고 주장했다. 또 2025년 12월 23일 개정된 조세특례제한법과 2026년 2월 27일 개정 시행령에 신설된 '정당한 사유' 규정을 들어 추징 예외를 인정해야 한다고 주장했다.
하지만 조세심판원은 이 사건에는 2025년 12월 23일 개정 전 조세특례제한법이 적용된다고 봤다. 이어 같은 법 제104조의19에는 주택건설사업자의 귀책이 없는 경우 등 추징의 예외규정이 없고, 청구법인이 전문 주택건설사업자로서 도시개발사업 방식의 인허가 절차에 상당한 기간이 걸릴 수 있다는 점을 토지 취득 당시 어느 정도 예견할 수 있었을 것으로 보인다고 판단했다.
조세심판원은 또 주택건설사업계획승인과 관련해 청구법인에 책임을 돌릴 수 없는 불가항력적 지연 및 곤란 사유가 객관적인 증빙을 통해 명확히 입증되지 않았다고 봤다. 심판청구일 현재 쟁점토지에 대한 주택건설사업계획의 승인이 이뤄진 사실도 확인되지 않았다고 했다.
조세심판원은 이에 따라 청구법인이 쟁점토지의 취득일로부터 5년 이내 사업계획승인을 받지 못한 이상, 감면받은 종합부동산세액 등을 추징한 이 사건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단했다.
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