대법원 공개자료에 따르면 사건명은 '경정거부처분취소의 소'이고 결론은 '파기환송(일부)'다. 쟁점은 원고가 소외 회사로부터 국외 공급 용역을 제공받으면서 일반세율을 적용하기로 합의한 뒤 부가가치세 상당액을 지급하고 매입세액을 공제받았다가, 이후 영세율을 적용한 수정신고에 따라 당초 매입세액으로 공제받음으로써 과소 납부한 부가가치세 상당의 본세와 가산세를 납부한 사안에서 원고에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부였다.
공개자료에는 원고가 2017년 소외 회사로부터 이 사건 용역을 제공받으면서 10% 일반세율을 적용하기로 하고 부가가치세 상당액을 모두 지급한 뒤 매입세액 공제를 받았다고 적시됐다. 이후 소외 회사는 이 사건 용역에 관해 영세율을 적용해 2017년~2020년 부가가치세에 관한 수정세금계산서를 발급하고 경정청구를 했고, 원고 역시 영세율을 적용해 매입세액 공제를 받지 않는 것으로 수정신고해 2017년~2020년 부가가치세 상당액과 가산세를 납부했다.
대법원은 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위해 납세의무자가 정당한 이유 없이 신고, 납세 등 의무를 위반했을 때 부과하는 행정상 제재라고 밝혔다. 또 납세의무자에게 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이런 제재를 과할 수 없다고 설명했다.
원심은 부가가치세 본세 처분과 가산세 처분을 모두 적법하다고 판단했다. 그러나 대법원은 본세에 관한 원심 판단은 수긍하면서도, 가산세와 관련해서는 영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급이라 하더라도 일반세율을 적용해 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우에는 공급받은 자가 매입세액을 공제받는 것이 부가가치세 집행기준 등에 따라 실무상 허용되는 점 등을 고려해야 한다고 봤다.
대법원은 소외 회사가 원고로부터 부가가치세 상당액을 지급받고 초기에는 부가가치세를 납부했다가 이후 체납했고, 원고가 체납 이후에도 소외 회사에 부가가치세 상당액을 계속 지급한 사정 등을 고려하면 원고가 소외 회사의 부가가치세 체납을 예견하지 못했을 가능성이 있다고 했다. 이에 따라 원심이 원고에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지에 관해 필요한 심리를 다하지 않았다며 원심판결 중 가산세 부과처분에 관한 부분을 파기ㆍ환송했다.
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