대법원은 2026년 8월 12일 양도소득세경정거부처분취소 사건에서 원심 판단을 수긍해 상고를 기각했다.
사건번호는 2025두32147이다.
쟁점은 상속받은 토지를 나중에 양도한 경우 양도소득세 취득가액을 어떻게 산정할지였다.
원고가 상속세를 신고하지 않자 과세관청은 상속재산인 토지의 가액을 개별공시지가로 평가한 뒤 과세미달로 결정했다.
원고는 7년 뒤 이 토지를 양도하면서 개별공시지가를 취득가액으로 해 양도소득세를 예정신고·납부했다.
이후 토지 취득가액을 2개 감정평가법인의 감정평가액 평균으로 보아 양도소득세 감액을 구하는 경정청구를 했지만 과세관청이 거부하자 취소소송을 냈다.
소송에서 원고는 비교매매사례가액이 존재하므로 상속세과세표준결정에서 정한 토지 가액이 위법하다고 주장했다.
반면 과세관청은 2020년 2월 11일 개정된 소득세법 시행령 제163조 제9항에 따라 양도소득세 취득가액은 과거 상속세과세표준결정에서 세무서장이 정한 상속재산가액으로 봐야 한다고 맞섰다.
대법원은 상속받은 재산의 양도에 따른 양도소득세를 부과할 때 사실심 변론종결 시까지 해당 자산의 상속 당시 시가가 증명되면 그 시가를 기준으로 정당한 양도차익과 세액을 산출해야 한다고 봤다.
이 법리는 과세관청이 과거 상속세 및 증여세법 제76조에 따라 상속재산 가액을 결정·경정한 바가 있다는 이유로 소득세법 시행령 규정을 적용한 경우에도 마찬가지라고 판단했다.
다만 그 전제는 종전 결정·경정가액이 객관성과 합리성을 갖춘 시가로 인정되지 않는 경우다.
대법원은 납부할 상속세액이 0원인 경우 상속인이 향후 양도소득세 부담까지 고려해 상속세과세표준결정에 불복하지 않는 경우가 현실에서 적지 않을 수 있다고 봤다.
그런데 종전 결정가액을 양도소득세 단계에서 무조건 취득가액으로 의제하면 납세자가 상속세와 양도소득세 단계 모두에서 실질적으로 다툴 기회를 잃을 수 있다고 지적했다.
원심은 원고가 양도소득세 경정청구 거부처분의 위법 사유로 종전 상속세과세표준결정에서 정한 가액보다 우선하는 상속개시 당시 시가를 주장할 수 있다고 판단했다.
또 비교 대상 토지의 거래가액을 기준으로 산정한 가액이 객관성과 합리성을 갖춰 양도소득세 취득가액으로 보는 것이 타당하다고 봤다.
대법원은 이 같은 원심 판단을 수긍했다.
이에 따라 양도소득세 경정청구 거부처분 전부를 위법하다고 본 원심 결론이 유지됐다.
