조세심판원은 조심 2026구1574 결정에서 이같이 판단했다. 이 사건에서 처분청은 청구인이 2024년 1월 11일 쟁점부동산을 양도한 뒤 신고한 취득가액을 부인하고, 장부상가액에서 분할 양도분을 차감한 금액 등을 기준으로 2025년 12월 17일 양도소득세를 경정·고지했다. 청구인은 2026년 2월 19일 심판청구를 제기했다.
조세심판원은 청구인이 당초부동산을 취득한 2003년 12월 29일은 부동산 실거래가 등기부 기재 제도와 양도소득세 실지거래가액 과세 제도가 시행되기 전이라고 봤다. 실제 매매가액보다 낮은 가액으로 검인계약서를 작성해 취득·등록세를 신고하는 관행이 있었고, 청구인이 취득세 과세표준과 유사한 수준으로 장부가액을 계상한 것으로 보인다는 점도 판단에 반영했다.
또 청구인이 제출한 2026년 1월 9일자 감정서에는 쟁점계약서와 2003년 10월 30일자, 2003년 12월 29일자 영수증이 기재연도 경에 작성된 문서일 가능성이 높은 것으로 추정된다는 내용이 담겼다. 조세심판원은 청구인이 2026년 6월 16일 조세심판관 회의에 출석해 원본 계약서와 영수증을 직접 제시한 점 등을 들어, 이 문서들이 양도소득세 신고를 위해 사후에 임의로 만들어졌다고 보기 어렵다고 판단했다.
아울러 청구인이 당초부동산을 분할해 양도한 2011년 4월 27일 신고 자료에서도 같은 계약서상 매매대금에 근거한 취득가액이 신고됐고, 처분청이 이를 시인한 것으로 나타났다고 봤다. 이에 따라 조세심판원은 청구인이 제시한 계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 봐 쟁점부동산의 취득가액을 산정하는 것이 타당하다고 결론 내렸다.
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