처분청은 부산지방국세청장의 법인세 통합조사 결과를 토대로 A이 실제로 근무하지 않았는데도 가공 급여를 지급받았다고 봤다. 조사 당시 사무실에 A의 근무공간이 없었고, 출퇴근기록부나 업무서류 등 실제 근무사실을 입증할 객관적 증빙도 확인되지 않았다는 점 등을 근거로 들었다.
조세심판원은 그러나 법인세법 시행령 제19조 제3호에 따라 법인의 인건비는 손비에 포함되고, 같은 영 제43조 제4항에 따라 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산 부인에 해당하는 경우를 제외하고 손금에 산입한다고 봤다.
조세심판원은 A이 청구법인 설립 당시부터 이사로 등기돼 있었고, 청구법인이 중소기업으로서 2021∼2024사업연도에 직원 수와 근로소득 지급금액이 대체적으로 지속 감소했을 뿐 아니라 연내 중도 퇴사자도 많았다고 밝혔다. 이에 따라 A이 비상근임원으로서 실제로 법인의 업무를 수행할 수밖에 없었다는 청구주장을 불합리하다고 보기 어렵다고 판단했다.
조세심판원은 또 세무조사 당시 확보한 사무실 좌석배치도에서도 대부분의 좌석이 비어 있었고, A의 쟁점인건비가 연 2,400~3,600만원 수준으로 청구법인의 타 직원 인건비인 연 5,000만원과 비교해 과다하다고 보기 어렵다고 했다.
조세심판원은 이런 사정을 종합해 쟁점인건비를 가공인건비로 보아 손금불산입하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이라고 결론냈다.
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