조세심판원은 8월 19일 조심 2026소1726 결정에서 충주세무서장이 청구인에게 한 2021년부터 2024년까지 귀속 종합부동산세 각 부과처분을 취소했다. 결정유형은 취소다.
이 사건에서 청구인은 2017년 10월 25일 마포세무서장에게 업태와 종목을 '부동산 임대'로 사업자등록했고, 2021년 9월 30일에는 임대사업자 등록과 함께 합산배제 신고를 했다. 그러나 처분청은 청구인이 '주택임대업'으로 사업자등록을 하지 않았다고 보고, 쟁점주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다며 2025년 12월 1일 종합부동산세를 경정·고지했다. 이에 청구인은 2026년 2월 27일 심판청구를 제기했다.
조세심판원은 청구인이 주택과 근린생활시설을 포함한 쟁점주택 전체에 대해 임대를 개시하고, 부동산 임대업으로 사업자등록을 한 뒤 임대사업자로 등록하는 등 실질적으로 주택임대 사업을 영위해 온 것으로 볼 수 있다고 판단했다. 또 사업자등록은 과세관청이 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하기 위한 제도라는 점에서, 당초 등록 업종이 '주택임대업'이 아닌 '부동산 임대업'이었다는 사정만으로 실체상의 권리관계가 달라진다고 보기 어렵다고 봤다.
심판원은 시행령 개정도 함께 짚었다. 2026년 2월 27일 대통령령 제36132호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항은 합산배제 임대주택의 사업자등록 요건을 '주택임대업 사업자등록'에서 '사업자등록'으로 바꿨다. 부칙 제2조는 이 개정규정을 시행일 이후 과세표준 및 세액을 신고하거나 결정·경정하는 경우부터 적용하도록 정하고 있다.
조세심판원은 이런 사정을 종합해 청구인의 2021년부터 2024년까지의 종합부동산세에도 완화된 규정을 적용해 경정하는 것이 법령의 명문 규정이나 개정 취지에 어긋나지 않는다고 판단했다. 이에 따라 쟁점주택은 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다고 결론냈다.
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